Phim “Linh Hồn Của Máy: Phần Mới” xoay quanh cuộc chiến của Thiếu tá Motoko Kusanagi và đội đặc nhiệm chống lại một loại virus máy tính nguy hiểm có tên Fire-Starter. Khi Fire-Starter lây nhiễm vào hệ thống, nó gây ra vụ ám sát của Thủ tướng Nhật Bản, buộc Kusanagi phải vào cuộc điều tra. Với nhiệm vụ truy tìm nguồn gốc của virus, đội của cô phải đối mặt với những thử thách và nguy hiểm khi họ theo đuổi kẻ đứng sau cuộc tấn công mạng có thể gây ra hậu quả tàn khốc cho thế giới.